您可點選經濟部工商憑證管理中心網站首頁常用查詢專區的「申請進度查詢」，並輸入此次申請的「案件流水號」及「用戶代碼」或是輸入「統一編號」及「用戶代碼」，即可查詢申請進度。

「申請進度查詢」的狀態說明：

• 繳費確認中：代表尚未繳費完成。請您先確認轉帳或臨櫃繳款之作業是否已交易成功，如確認交易成功但是仍出現「繳費確認中」，或繳費完成2天後仍是出現「繳費確認中」，請來電諮詢服務電話412-1166處理。
• 繳費完成。已有申請資料，請將申請書掛號郵寄或親自送件至登記機關審驗：申請項目為【正卡申請】及【非IC卡申請】者，此狀態表示已確認繳費完成，由於申請流程需紙本審核，請務必列印申請書後完成申請書用印及遞件。申請書遞件後，您可於「全國商工行政服務入口網之商工案件進度查詢」查詢登記機關處理進度及審核結果。
• 繳費完成，等待發卡：申請項目為【附卡申請】、【正卡即將到期以正卡申請正卡】或【負責人自然人憑證申請正卡】、【負責人自然人憑證申請非IC卡】者，此狀態表示已確認繳費完成，請等待憑證核發。
• 已經發卡成功，已進行包裝配送：無論申請方式，當申請卡別為【正卡】或【附卡】有實體卡片者，此狀態表示憑證已由工商憑證管理中心核發完成，工商憑證IC卡將以掛號方式寄送至公司/商業/有限合夥登記地址；其中本國分公司將寄至總公司之登記地址，外國在台分公司將寄至在台分公司之登記地址，有限合夥分支機構則寄至有限合夥之登記地址。
• 已經發卡成功：無論申請方式，當申請卡別為【非IC卡類】者，此狀態表示憑證已由工商憑證管理中心核發完成。由於您所申請的憑證型態無實體卡片，將以電子郵件方式通知憑證聯絡人進行憑證接受。